Pro Patria
Lukuvuosi 1939 käynnistyi Suomen oppikouluissa samana päivänä, kun Hitlerin tankit vyöryivät Puolaan ja toinen maailmansota alkoi. Suomessa koulunkäynti jatkui aluksi totuttuun tapaan, mutta kouluarjen lomassa moni OYK:n oppilas ja opettaja seurasi jännityksellä tilanteen kehitystä. Lokakuussa ylimääräiset kertausharjoitukset keskeyttivät opetuksen oppikouluissa väliaikaisesti. Lopulta kaikki meni uuteen uskoon marraskuun viimeisenä päivänä 1939, kun Neuvostoliiton hyökkäys tempaisi Suomen mukaan sotaan.
Talvisota ja sitä seuranneet jatkosota ja Lapin sota vaikuttivat suuresti yhteiskuntaan, koulumaailmaan ja OYK:hon. Yhtenäkään sotavuonna ei saatu opiskeltua normaalin mittaista lukuvuotta, vaan koulunkäynti oli katkonaista. Koulutyötä vaikeutti myös pätevien opettajien puute. Opetus oli pitkälti sijaisten harteilla, sillä OYK:n miesopettajista suurin osa oli armeijan harmaissa ja osa naisopettajistakin lottakomennuksilla. Myös vanhimmat lukiolaispojat kutsuttiin sotaväkeen. Kotirintamalle jääneet osallistuivat erilaisiin sotaponnistuksia tukeviin talkoisiin ja kesäisin työvelvollistöihin esimerkiksi maa- ja metsätalouden parissa. Moni oppilas otti osaa myös sotilaspoika- tai lottajärjestöjen toimintaan.
Sota päättyi lopulta keväällä 1945, ja OYK:ssa palattiin takaisin rauhan ajan kouluarkeen johtaja Selma Patajoen johdolla. Pysyvänä osoituksena sodasta ripustettiin koulun seinälle muistotaulut, joihin oli kaiverrettu 20:n talvi- ja jatkosodassa kuolleen koulun oppilaan nimi.